2006 yılında kazı çalışmaları başlayan Agora ve Dükkanlar, kent merkezinin en önemli sosyal yapıları olan tiyatro, hamam ve odeionun merkezinde yer almaktadır. Kentin genelinde görülen tahribattan en çok etkilenen alanlardan biridir. Yapı grubu, bulunduğu konum, kazılmamış alanların fiziki yapısı ve daha sonraki eklenti mekânlara bakılarak agora ve dükkânlar olarak adlandırılmıştır. Kazı çalışmaları sırasında ele geçen taş ve kurşun terazi ağırlığı, bu odaların dükkân olarak kullanılmış olabileceği hakkındaki düşünceyi desteklemektedir.
Doğu- batı yönünde uzanan 40 m’lik güney cephesi ana kayaya basamaklı bir şekilde yerleştirilen orijinal yapı, yeni eklemelerle uzun bir dönem kullanılmıştır. Orijinal kesme taş bloklarla oluşturulan muhtemelen en erken mimari yapının temelleri üzerine dik bir şekilde yerleştirilen birbirine paralel duvarlar, dükkânlar olarak yorumlanmıştır. Bu moloz taşlardan yapılan duvarlarında sürekli yeni eklemeler ve bazı değişikliklerle kullanıldığı görülmektedir. Aynı ölçüye sahip bu odaların bazılarında renkli duvar sıvalarının kullanıldığı zemin seviyesinde ele geçen kalıntılardan anlaşılmıştır. Ana yapının güneyinde kaliteli işçiliğe sahip kesme taş bloklar zemin kaplaması olarak kullanılmıştır.
2006 yılından itibaren aralıklı sürdürülen çalışmalarda ele geçen mimari kalıntıların yanında seramik, sikke, cam ve pişmiş toprak eserler yapıda oluşan değişimlerin tarihleri hakkında bilgi vermektedir. Ele geçen buluntular yardımıyla Hellenistik Dönem’den itibaren kullanım gördüğü, daha sonra MS 5.-7. yüzyıl arasında eklentilerin düzensiz eklentilerin yapıldığı ve yapının MS11.-12. yüzyıla kadar kullanım gördüğü ele geçen sikkeler yardımıyla anlaşılmıştır. Bu kullanım evreleri yanında mimari olarak tespit edilmeyen ancak küçük buluntular yardımıyla fark edilebilen Osmanlı kültür izlerini de alanın son kullanımı hakkında ipuçları vermektedir.
Parion Agorası’da Troya Prensi Paris’in Mezarı ve Heykeli
Antik yazarlardan öğrendiğimiz kadarıyla, Troya prensi Paris’in çocukluğu Parion yakınında bir çiftlikte geçmektedir. Bu yazarlardan biri de Atinalı Athenagoras olup, Parion Agorası’nın içerisinde Paris’in mezarı ve onun yanı başında ise bir heykelinin olduğunu, bu alanda da heykel için kurbanların kesildiğinden aktarmaktadır. Müze kataloglarında görülen ve Parion kentinde ele geçen bir sikkede Paris’in tasviri bu bahsi güçlendirir niteliktedir.
